食品微生物室要保证做样环境如超净台、房间、以及所用工器具的洁净程度，做好消毒灭菌，尽量保证其无菌性，防止因人为原因操作失误而出现误差结果。为保证检测结果的准确性，应做好以下几个方面：
培养基的灭菌：
1、每次配置时，要注意其生产日期是否在保质期内，查看其开瓶日期及瓶口密封性，保证其未变质，并且未吸潮。
2、一定要保证现配制现灭菌，未灭菌的配好培养基不能长时间放置，更不可隔夜。
3、灭菌时要保证恒温、恒压，同时要保证有效灭菌时间。
4、灭菌过的培养基要冰箱保存，可保存一周，一般不超过3天。而且要遵循“先入先出”原则，先配制的要先使用。
5、每瓶培养基均要做空白。
6、尽量集中做样，避免频繁打开同一瓶培养基瓶塞，增大培养基的污染几率，出现误差结果。
食品微生物室无菌操作要求：
1、接种细菌时必须穿工作服、戴工作帽。
2、进行接种食品样品时，必须穿专用的工作服、帽及拖鞋，应放在无菌室缓冲间，工作前经紫外线消毒后使用。
3、接种食品样品时，应在进无菌室前用肥皂洗手，然后用75％酒精棉球将手擦干净。
4、进行接种所用的吸管，平皿及培养基等必须经消毒灭菌，打开包装未使用完的器皿，不能放置后再使用，金属用具应高压灭菌或用95%酒精点燃烧灼三次后使用。
5、从包装中取出吸管时，吸管尖部不能触及外露部位，使用吸管接种于试管或平皿时，吸管尖不得触及试管或平皿边。
6、接种样品、转种细菌必须在酒精灯前操作，接种细菌或样品时，吸管从包装中取出后及打开试管塞都要通过火焰消毒。
7、接种环和针在接种细菌前应经火焰烧灼全部金属丝，必要时还要烧到环和针与杆的连接处，接种结核菌和烈性菌的接种环应在沸水中煮沸5min，再经火焰烧灼。
8、吸管吸取菌液或样品时，应用相应的橡皮头吸取，不得直接用口吸。
