食品微生物室是进行细菌、酵母、霉菌以及各类致病性微生物检验的关键场所，其是否达到无菌操作要求，内部质量控制体系是否完善直接关系到食品微生物学检验结果的准确性。从总体布局上看，无菌室的墙壁、地面和天花板要求表面平整光滑、易于清洗，不易渗漏液体，并能抵抗常用消毒剂的腐蚀。无菌室一般要求要*密闭，并保持好日常卫生，以防止室外不净气体和部分昆虫进入，与外界应有完善的物流窗和高效空气过滤除菌设备。
设计结构和布局：
根据生产实际需要，一般工厂应设置细菌与理化检验兼有的综合实验室，主要包括以下三大部分：细菌实验室、理化实验室、办公室。
1、办公室
2、理化分析实验室：(或者和细菌检验操作室合并)
①理化分析室(兼作感观检验室)
②仪器室(兼放细菌室显微镜等少量仪器)
3、细菌实验室：
①细菌检验操作室；
②无菌室；
③培养基制作室；
④洗涤消毒室；
食品微生物室主要承担《食品微生物学》和《有害微生物检测与控制技术》等课程实验实训教学工作，主要开展显微镜使用、细菌染色、细菌形态观察、微生物分离纯化、微生物转种接种、菌落总数的测定、大肠菌群的测定、根霉/毛霉分离、乳酸菌活力测定、米酒/豆腐乳发酵、金黄色葡萄球菌检验、平酸菌检验、蜡样芽胞杆菌的分离与鉴定和黄曲霉毒素检测等实验；同时本实验室还承担学生进行食品微生物相关的创新性实验。
