无尘无菌室须定期（每季度、半年、1年）或当无尘车间设施发生重大改变时，要按国家标准进行洁净度再验证，以确保洁净度符合规定，保存验证原始记录，定期归档保存，并将验证结果记录在无菌室使用登记册上，作为实验环境原始依据及趋势分析资料。并定期对无尘车间的环境检测数据进行趋势分析和评估，根据评估结果，了解无尘车间设施环境质量的稳定状况及变化趋势，决定是否有必要修订相应的警戒和纠偏限度。
使用无尘无菌室时须做好下面这些事项：
1.无菌室应设有无菌操作间和缓冲间，无菌操作间洁净度应达到10000级，室内温度保持在20-24℃，湿度保持在45-60%。超净台洁净度应达到100级。
2.无菌室应保持清洁，严禁堆放杂物，以防污染。
3.严防一切灭菌器材和培养基污染，已污染者应停止使用。
4.无菌室应备有工作浓度的消毒液，如5％的甲酚溶液，70％的酒精，0.1％的新洁尔灭溶液，等等。
5.无菌室应定期用适宜的消毒液灭菌清洁，以保证无菌室的洁净度符合要求。需要带入无菌室使用的仪器，器械，平皿等一切物品，均应包扎严密，并应经过适宜的方法灭菌。
7.工作人员进入无菌室前，必须用肥皂或消毒液洗手消毒，然后在缓冲间更换专用工作服，鞋，帽子，口罩和手套(或用70%的乙醇再次擦拭双手)，方可进入无菌室进行操作。
8.无尘无菌室使用前必须打开无菌室的紫外灯辐照灭菌30分钟以上，并且同时打开超净台进行吹风。操作完毕，应及时清理无菌室，再用紫外灯辐照灭菌20分钟。
9.供试品在检查前，应保持外包装完整，不得开启，以防污染。检查前，用70％的酒精棉球消毒外表面。
10.每次操作过程中，均应做阴性对照，以检查无菌操作的可靠性。
11.吸取菌液时，必须用吸耳球吸取，切勿直接用口接触吸管。
12.接种针每次使用前后，必须通过火焰灼烧灭菌，待冷却后，方可接种培养物。
13.带有菌液的吸管，试管，培养皿等器皿应浸泡在盛有5%来苏尔溶液的消毒桶内消毒，24小时后取出冲洗。
