食品微生物室主要负责各类食品中微生物项目的检测，主要检测项目有菌落总数、大肠菌群、霉菌、酵母、乳酸菌、双歧杆菌、罐头商业无菌、致病菌（如沙门氏菌、志贺氏菌、溶血性链球菌、金黄色葡萄球菌等）。

　　食品微生物室应选择在清洁安静的场所，远离生活区，锅炉房与交通要道;实验室应选择在光线充足，通风良好的场所，要与生产加工车间有一定距离;实验室应选择在方便扦样与检验，距离车间较近的工作场所。根据生产实际需要，一般工厂应设置细菌与理化检验兼有的综合实验室，主要包括以下三大部分：细菌实验室、理化实验室、办公室。

　　食品微生物室的管理制度：

　　1、实验室应制定仪器配备管理、使用制度，药品管理、使用制度，玻璃器皿管理、使用制度，并根据安全制度和环境条件的要求，食品微生物室工作人员应严格掌握，认真执行。

　　2、进入实验室必须穿工作服，进入无菌室换无菌衣、帽、鞋，戴好口罩，非实验室人员不得进入实验室，严格执行安全操作规程。

　　3、实验室内物品摆放整齐，试剂定期检查并有明晰标签，仪器定期检查、保养、检修, 严禁在冰箱内存放和加工私人食品。

　　4、各种器材应建立请领消耗记录，贵重仪器有使用记录，破损遗失应填写报告；药品、器材、菌种不经批准不得擅自外借和转让，更不得私自拿出食品微生物室。

　　5、禁止在实验室内吸烟、进餐、会客、喧哗，实验室内不得带入私人物品，离开实验室前认真检查水电，对于有毒、有害、易燃、污染、腐蚀的物品和废弃物品应按有关要求执行。

　　6、负责人严格执行本制度，食品微生物室出现问题立即报告，造成病原扩散等责任事故者，应视情节直至追究法律责任。